• Scientific Part

    Ogni organismo vivente è fatto di cellule. Ogni cellula è un’entità vivente che contiene gli organelli (parti con funzioni uniche). I geni sono collocati nel nucleo della cellula, e servono per codificare le informazioni sulle caratteristiche della cellula, come il suo comportamento. Ogni cellula si riproduce dividendosi in due cellule identiche ma distinte, e usa l’informazione contenuta nei geni per portare a termine questo processo.

    Si tratta di un modo utilizzato per rappresentare il processo di espressione genica e le relazioni causali tra i geni

    La loro analisi permette di studiare la causalità tra geni. L’esistenza di alcuni geni può infatti essere l’origine di quella di altri geni

    Gene@home è un progetto mirato ad espandere reti di geni e trovare relazioni di causalità tra essi. Al giorno d’oggi ci sono pochi metodi disponibili per eseguire l’espansione. In particolare, questo progetto utilizza l’algoritmo PC-IM, una modifica del PC per calcolare la relazioni causali tra geni

    L’espansione viene eseguita dall’algoritmo PC-IM, che riceve una rete di geni e un insieme di nuovi geni, e cerca di trovare relazioni tra i due sfruttando l’algoritmo PC. Il PC-IM è infatti un’implementazione iterativa di quest’ultimo, che trova le reti di geni e studia le loro relazioni causali, con lo scopo di stabilire se una lista di nuovi geni può avere relazioni causali con una GRN già nota. In particolare, i nuovi geni vengono partizionati in blocchi e uniti alla GRN; dopodichè il PC viene applicato su ogni blocco per cercare nuove possibili relazioni. Alla fine del processo l’algoritmo auto-valuta le sue performance, e in base a questo decide la rete finale da restituire in output

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    Il progetto lavora su un campo importante nell’ambito della bioinformatica: le relazioni causali tra geni. L’algoritmo presentato in questa ricerca è testato sulla pianta Arabidopsis Thaliana; nel futuro verrà probabilmente esteso ad animali ed essere umani. I risultati della ricerca potranno contribuire allo sviluppo della scienza medica per studiare le relazioni di causalità tra geni in altre specie