GRUPPO PRE- E POST-PROCESSING:

i membri del gruppo hanno fornito le reti da espandere e ne hanno scaricato una di 7000 geni dal database Agris, Arababidopsis Gene Regulatory Information Server.Questa rete è stata divisa in sotto-reti composte da mille geni l’una.
Il gruppo pre- e post-processing ha anche applicato diversi metodi per estrarre le sotto-reti, come:
a. Rimuovere gli hub, che sono i geni con molte connessioni.
b. Cercare i componenti connessi applicando l’algoritmo di Markov clustering o il linking clustering.
c. Estrarre le sotto-reti composte dai vicini.
Per fornire i dati sull’espressione genica da dare all’algoritmo di espansione, gli studenti hanno scaricato gli esperimenti sulle piante e i loro patogeni, assieme a 143 esperimenti sull’Arabidopsis dal database PlexDB.
Un altro compito implementato è stata la validazione interna del PC-IM.

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GRUPPO CLIENT:

questo gruppo ha implementato l’algoritmo di Peter-Clark (PC) e il PC-Iterative Method (PC-IM), un nuovo metodo per espandere reti sviluppato dall’università di Trento e dalla fondazione Edmund Mach.
Il gruppo client ha compilato BOINC sotto Linux, e sviluppato una versione C++ dell’algoritmo PC. Inoltre, ha scritto una libreria per interfacciarsi alle API BOINC, utilizzando un tipo particolare di variabile.

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GRUPPO SERVER:

questo gruppo ha studiato il PC-IM nel linguaggio R, e l’ha poi implementato in C. Gli studenti hanno testato il server BOINC su una macchina virtuale e l’hanno installato su un server di Linux creando il progetto, configurando tutti i componenti necessari e testando gli output ottenuti dal gruppo client, per il quale hanno anche distribuito i dati.

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GRUPPO COMUNICAZIONE:

il compito principale di questo gruppo è stato condividere col mondo la ricerca scientifica fatta e cercare volontari in grado di essere d’aiuto nello svolgimento del progetto. Per questa ragione, gli studenti hanno sviluppato un sito, con lo scopo di mostrare il lavoro fatto dai vari gruppi.
Alcuni dettagli includono programmare il codice del sito, elaborarne la struttura e fornirne i contenuti.

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UNIVERSITY OF TRENTO:

L’Università di Trento, in 50 anni di storia, si è caratterizzata per la sua attenzione ai rapporti e agli scambi con l’estero e per la qualità della ricerca e della didattica. Aspetti che hanno permesso all’ateneo di conquistare negli anni posizioni di primo piano nelle classifiche delle università, nazionali ed internazionali.

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FONDAZIONE EDMUND MACH:

La Fondazione Edmund Mach svolge attività di ricerca scientifica, istruzione e formazione, sperimentazione, consulenza e servizio alle imprese, nei settori agricolo, agroalimentare e ambientale. La sua gestione è ispirata a criteri di efficienza, economicità e trasparenza e non ha finalità di lucro. La Fondazione continua gli scopi e l’attività dell’Istituto agrario di San Michele all’Adige, fondato dalla dieta di Innsbruck il 12 gennaio 1874, e del Centro di ecologia alpina costituito con legge provinciale 31 agosto 1992, n. 17.

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CONSIGLIO NAZIONALE DELLE RICERCHE:

Il Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR) è Ente pubblico nazionale di ricerca con competenza scientifica generale, vigilato dal Ministro dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca (MIUR). È dotato di personalità giuridica di diritto pubblico e di autonomia scientifica, finanziaria, organizzativa, patrimoniale e contabile.

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